Las ciudades deben seleccionar las medidas más adecuadas en función de la naturaleza de los cuerpos de agua locales (arroyos, lagos o zonas costeras). Según convenga, pueden considerarse cuerpos de agua artificiales y/o canalizados. Para completar el nivel básico, seleccionar al menos un cauce principal, al menos tres grandes lagos o la zona costera. Para completar el nivel avanzado, incluir todos los cuerpos de agua locales importantes (arroyos de al menos cuarto orden de tamaño y cualquier lago de al menos 4 hectáreas de superficie) y las zonas costeras.
Para arroyos: medir la diferencia en la retención de nutrientes de las muestras de agua sin tratar tomadas en lugares de muestreo predeterminados, tanto aguas arriba como aguas abajo, de los mayores arroyos de la ciudad.
Para zonas costeras y lagos: medir el área total de eutrofización.
Índices de Naturaleza Urbana de la UICN | 15
Cuando no hay grandes sistemas acuáticos dentro de sus fronteras, las ciudades pueden considerar arroyos y lagos más pequeños o bien medir la contaminación en 3 sistemas en un radio de 10 km fuera de los límites de la ciudad (de nuevo, muestreando tanto en sitios aguas arriba como aguas abajo).
El muestreo deberá considerar los factores temporales y estacionales que afectan la calidad del agua. Se especificarán los protocolos de muestreo (es decir, la frecuencia de las mediciones, el muestreo durante las condiciones de flujo base o de crecida).

El análisis de muestras de agua para la retención de nutrientes suele medir los niveles de nitrógeno, pero también puede medir los niveles de sedimentos o fósforo, según convenga.

Se pueden considerar mediciones de partículas de residuos sólidos como los plásticos.