El INU está estructurado en torno a 30 temáticas anidadas en seis temas, una para cada indicador. Las temáticas de los indicadores permiten el análisis y monitoreo de diferentes aspectos de la naturaleza urbana. Gracias a la naturaleza flexible del INU, y dadas las potenciales limitaciones de capacidad, se recomienda a las ciudades que desarrollen al menos una temática de indicador por tema.